دانشکده کشاورزی دانشگاه ملایر در سال 1391 با هدف تأمین نیروی انسانی متخصص و ماهر در رشته های مرتبط با حوزه کشاورزی تاسیس شد؛ هرچند فعالیت رشته های کشاورزی از سال 1386 با اخذ مجوز رشته مهندسی علوم خاک و سپس فضای سبز (1387)، علوم دامی (1389) و مهندسی زراعت و اصلاح نباتات در سال 1391 آغاز گردیده است. افزایش کمی و کیفی فعالیت های تحقیقاتی، آموزشی، خدماتی و ترویج در حوزه دانش کشاورزی نیازمند سرمایه گذاری عقلایی، خلاقیت و به کارگیری روش های نوین است. هدف کلی تأسیس چنین دانشکده ای در شهرستان ملایر که اقتصاد مبتنی بر کشاورزی دارد، تأمین نیروی انسانی در سطح کارشناسی و کارشناسی ارشد جهت پیشبرد فعالیت های مرتبط با برنامه ریزی، تولید و نگهداری محصولات کشاورزی بوده است. هم اکنون این دانشکده دارای چهار گروه علوم و مهندسی خاک، مهندسی علوم دامی، مهندسی فضای سبز و مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی می باشد.

فعالیت های آموزشی دانشکده کشاورزی دانشگاه ملایر از مهرماه 1386 با پذیرش 60 دانشجو در رشته کارشناسی علوم خاک آغاز شد و در سال های بعد رشته های فضای سبز، علوم دامی، زراعت و اصلاح نباتات، بیوتکنولوژی کشاورزی و مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی در دوره کارشناسی به آن اضافه گردید. در سال 1391 دانشکده کشاورزی اقدام به پذیرش دانشجو در رشته کارشناسی ارشد علوم دامی کرد و سپس در سال های بعد پذیرش دانشجو در رشته های دیگر نیز آغاز شد. هم اکنون این دانشکده در سال تحصیلی 99-98 پذیرای حدود 350 دانشجو در مقاطع کارشناسی و کارشناسی ارشد در رشته های مختلف در گروه های آموزشی علوم و مهندسی خاک، مهندسی فضای سبز، مهندسی علوم دامی و مهندسی تولید و ژنتیک کشاورزی می باشد.

این دانشکده از بدو تاسیس تاکنون حدود 1100 دانش آموخته در مقاطع مختلف تحصیلی و در رشته های گوناگون داشته است. نتایج حاصل از فعالیت های تحقیقاتی اعضای هیأت علمی این دانشکده در سال های گذشته آثار مفید و ارزنده ای در برنامه ریزی های کشاورزی در نهادهای اجرایی داشته است. اعضای هیأت علمی این دانشکده با نهادها و سازمان های اجرایی در سطح کشور، استان و شهرستان همکاری داشته و طرح های مشترک آموزشی، تحقیقاتی و مشاوره ای در زمینه های مختلف را به اجرا درآورده است. همچنین در برگزاری سمینارها و کنگره های علمی این دانشکده فعال بوده است و طی سال های گذشته چندین کنگره علمی و کارگاه های آموزشی مختلف توسط این دانشکده برگزار شده است. دانشکده کشاورزی در ابتدا دارای مسئول راه اندازی (دکتر مهرداد میرسنجری) و از سال 92 با سرپرستی آقایان: دکتر مهرداد میرسنجری، دکتر بهروز محمدپرست و دکتر موسی رسولی اداره گردید. از مهر 96 آقای دکتر شهریار مهدوی به عنوان اولین رییس دانشکده کشاورزی منصوب گردید.دکتر مهدوی پس از ۶ سال ریاست دانشکده کشاورزی در دی ماه ۱۴۰۲ مسئولیت مدیریت دانشکده را به دکتر هدایتی سپرد و از دی ماه ۱۴۰۲ ریاست دانشکده کشاورزی بر عهده دکتر هدایتی می‌باشد