بر اساس گزارش نظام رتبه بندی مؤسسه استنادی و پایش علم و فناوری جهان اسلام ISC درسال 1400-1401، دانشگاه ملایر در بین همه دانشگاه های جامع کشور در رتبه بندی کلی با 7 پله رشد در رتبه 48 قرار گرفت.
شایان ذکر است در این رتبه بندی شاخص‌های مختلف از جمله آموزش، پژوهش، فناوری و نوآوری، بین المللی سازی، اثرگذاری اقتصادی و خدمات اجتماعی مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفته است.
در میان این شاخص ها، بهترین عملکرد دانشگاه ملایر در شاخص خدمات اجتماعی، زیر ساخت و تسهیلات با رتبه 33 و در شاخص پژوهشی رتبه 38 کشور را کسب نموده است. در سایر شاخص ها دانشگاه نیازمند سیاست گذاری، راهبردهای اثرگذار و اجرای برنامه های مختلف به منظور بهبود وضعیت و رشد پایدار در این موارد می باشد.
در وبگاه موسسه ISC و در صفحه رتبه‌بندی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی ایران عنوان شده است: در اعلام رتبه دانشگاه‌ها کلیه موارد از جمله مستندات ارائه شده دانشگاه‌ها و جایگاه دانشگاه‌ها در شاخص‌های مختلف، چگونگی امتیازبندی، نحوه بازه‌بندی براساس فاصله امتیازات دانشگاه‌ها و سایر جزئیات در جلسات مشترک متعدد کمیته تخصصی رتبه‌بندی پایگاه مؤسسه استنادی و پایش علم و فناوری جهان اسلام (ISC) و وزارت علوم، تحقیقات و فناوری بررسی و اعلام شده است.